W glebach jest bardzo często niska zawartość wymiennego wapnia (Ca) stanowiącego kluczowy, obok zawartości części koloidalnych, czynnik stabilizujący próchnicę, a niska zawartość próchnicy sprawia, że gleby takie wykazują małą żyzność, złe stosunki powietrzno-wodne i wymagają stosowania dużych dawek nawozów, a oprócz tego intensywnego wapnowania. Także wysokie opady w okresie jesienno-zimowym oraz dodatkowo nadmiar wód irygacyjnych nasilają ten problem. Także zasolenie gleby, spowodowane przenawożeniem nawozami mineralnymi, wpływa niekorzystnie na ilość i jakość materii organicznej w glebie. Ważną przyczyną, powodującą zmniejszenie zawartości próchnicy w naszych glebach jest pogorszenie stosunków wodnych gleb, które sprzyjają mineralizacji materiału organicznego, a zatem jej stratom. W ogromnej liczbie przypadków, z czego sobie czasem nie zdajemy sprawy, przeprowadzanie nieuzasadnionych melioracji odwadniających prowadzi nie tylko do przesuszania gleb, ale też w konsekwencji do zmniejszenia zasobów próchnicy. Nasze linki rolnicze przedstawiają miejsca w internecie, które opisują dane metody, równie szczegółowo. Zmniejszenie zasobów próchnicy w glebach użytkowanych rolniczo może być spowodowane też intensyfikacją uprawy, wprowadzaniem uproszczonych płodozmianów z dominacją zbóż (zwłaszcza monokultur zbożowych). Skutkuje to zmniejszeniem ilości resztek roślinnych pozostawianych w glebie po zbiorach, stanowiących ważne źródło próchnicy. Zwłaszcza niebezpieczne ma możliwość być wyeliminowanie ze zmianowań uprawy roślin motylkowych, których uprawa jest wyjątkowo cenna ze względu na bilans próchnicy oraz azotu. Dlatego także powinno się wprowadzić do gospodarstwa wszystkie zabiegi mające na celu zapobieganie ewentualnym stratom próchnicy i pozwalającym utrzymać jej zawartość na możliwie optymalnym poziomie.